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產(chǎn)品簡介
全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome-wide association study, GWAS)是一種對全基因組范圍內(nèi)的常見遺傳變異(單核苷酸多態(tài)性和拷貝數(shù)變異)基因總體關(guān)聯(lián)分析的方法,該方法以自然群體為研究對象,以長期重組后保留下來的基因(位點)間連鎖不平衡(linkage disequilibrium, LD)為基礎(chǔ),將目標性狀表型的多樣性與基因(或標記位點)的多態(tài)性結(jié)合起來分析,可直接鑒定出與表型變異密切相關(guān)且具有特定功能的基因位點或標記位點。在全基因組范圍內(nèi)進行整體研究,能夠一次性對優(yōu)良性狀進行輪廓性概覽,適用于挖掘優(yōu)良性狀的研究。
研究內(nèi)容
全基因組關(guān)聯(lián)分析首先進行群體分層,分析了解材料的分層信息;然后進行連鎖不平衡分析,連鎖不平衡的水平可決定關(guān)聯(lián)分析的精度、所選標記的數(shù)目;最后結(jié)合群體基因型和表型數(shù)據(jù),使用基于混合線性模型進行全基因組關(guān)聯(lián)分析,對分析所得的與目標性狀強關(guān)聯(lián)的位點進行基因功能注釋。
結(jié)果展示
送樣建議
1) 對于農(nóng)作物,一般選取多個品系或商業(yè)品種做GWAS,包括野生種、當(dāng)?shù)卦耘喾N、馴化種或商業(yè)品種,選擇多個品系或商業(yè)品種可以保證遺傳多樣性;
2) 對于動物或禽類,一般選取半同胞家系或者全同胞家系;
3) 對于林木類材料,一般選取同一個物種的多個樣本,樣本間要做到表型豐富;
4) 無論何種材料,樣本間都不能有明顯的亞群分化,且多態(tài)性要廣,同時建議選取幾個比較重要的表型性狀作為研究的重點;
5) 對于組織樣或DNA的要求與全基因組重測序相同;
6) 原則上樣本數(shù)目越多越好,根據(jù)目前報道的高水平文章來看,樣本數(shù)一般在200以上,對于珍稀物種可以適當(dāng)減少;
7) 對于目標性狀選擇方面,盡量選擇遺傳力高的性狀,所有個體性狀表型鑒定部位盡量一致,最好有多年多點的表型數(shù)據(jù)。
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