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科技服務(wù)

SCIENCE AND TECHNOLOGY SERVICE

lncRNA測序

產(chǎn)品簡介

長鏈非編碼RNA測序(lncRNA Sequencing)是一種使用特定方法降低樣本中rRNA豐度,對富集到的RNA進(jìn)行文庫構(gòu)建,再對測序數(shù)據(jù)進(jìn)行信息分析的研究方法??梢淮潍@得樣本中幾乎全部的lncRNA信息,對lncRNA的類別、功能進(jìn)行全方位深入分析,從而快速全面準(zhǔn)確地獲得與特定生物學(xué)過程相關(guān)的lncRNA的信息。

研究內(nèi)容

1) 測序質(zhì)量值分布統(tǒng)計(jì);

2) 測序數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì);

3) 與參考基因組比對分析;

4) RNA-Seq整體質(zhì)量評估:Insert長度檢驗(yàn);測序隨機(jī)性分析;測序飽和度分析;

5) 轉(zhuǎn)錄本拼接;

6) 已知lncRNA比對分析與統(tǒng)計(jì);

7) 候選lncRNA基本篩選;

8) class_code的分布;

9) 候選lncRNA編碼潛能篩選(CPC、CNCI分析,pfam蛋白結(jié)構(gòu)域分析,編碼潛能預(yù)測維恩圖);

10) 最終過濾結(jié)果管道圖;

11) lncRNA靶基因預(yù)測(trans和cis作用);

12)  lncRNA表達(dá)定量分析;

13) lncRNA差異表達(dá)分析;

14) 樣品間lncRNA相關(guān)性分析(含生物學(xué)重復(fù)樣品);

15)Cis作用差異lncRNA靶基因注釋富集分析;

16)Cis作用差異lncRNA靶基因PPI分析;

17)Trans作用差異lncRNA靶基因注釋富集分析;

18) Trans作用差異lncRNA靶基因PPI分析;

19)mRNA基因表達(dá)定量;

20)重復(fù)相關(guān)性檢測(有生物學(xué)重復(fù));

21) 差異表達(dá)基因篩選(兩個(gè)或以上樣品);

22) 差異表達(dá)基因聚類分析(兩個(gè)或以上樣品);

23)差異表達(dá)基因的功能注釋(兩個(gè)或以上樣品);

24)差異表達(dá)基因的GO和KEGG富集分析(兩個(gè)或以上樣品);

25)差異表達(dá)基因蛋白互作網(wǎng)絡(luò);

26)lncRNA與mRNA表達(dá)水平比較;

27) lncRNA與mRNA的結(jié)構(gòu)比較。

結(jié)果展示

送樣建議

1) 樣品類型:總RNA;
2) 樣品濃度:≥50ng/μg;
3) RNA總量:≥2μg;
4) RNA純度:OD260/280:1.8-2.0;OD260/230≥1.8,260處有正常峰值;
5) RNA完整度:電泳檢測28s/18s≥1.5或RIN≥6.8(動(dòng)物)、6.3(植物、真菌),基線平整(軟體等無28S物種)。
010-80543251

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