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產(chǎn)品簡介
長鏈非編碼RNA測序(lncRNA Sequencing)是一種使用特定方法降低樣本中rRNA豐度,對富集到的RNA進(jìn)行文庫構(gòu)建,再對測序數(shù)據(jù)進(jìn)行信息分析的研究方法??梢淮潍@得樣本中幾乎全部的lncRNA信息,對lncRNA的類別、功能進(jìn)行全方位深入分析,從而快速全面準(zhǔn)確地獲得與特定生物學(xué)過程相關(guān)的lncRNA的信息。
研究內(nèi)容
1) 測序質(zhì)量值分布統(tǒng)計(jì);
2) 測序數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì);
3) 與參考基因組比對分析;
4) RNA-Seq整體質(zhì)量評估:Insert長度檢驗(yàn);測序隨機(jī)性分析;測序飽和度分析;
5) 轉(zhuǎn)錄本拼接;
6) 已知lncRNA比對分析與統(tǒng)計(jì);
7) 候選lncRNA基本篩選;
8) class_code的分布;
9) 候選lncRNA編碼潛能篩選(CPC、CNCI分析,pfam蛋白結(jié)構(gòu)域分析,編碼潛能預(yù)測維恩圖);
10) 最終過濾結(jié)果管道圖;
11) lncRNA靶基因預(yù)測(trans和cis作用);
12) lncRNA表達(dá)定量分析;
13) lncRNA差異表達(dá)分析;
14) 樣品間lncRNA相關(guān)性分析(含生物學(xué)重復(fù)樣品);
15)Cis作用差異lncRNA靶基因注釋富集分析;
16)Cis作用差異lncRNA靶基因PPI分析;
17)Trans作用差異lncRNA靶基因注釋富集分析;
18) Trans作用差異lncRNA靶基因PPI分析;
19)mRNA基因表達(dá)定量;
20)重復(fù)相關(guān)性檢測(有生物學(xué)重復(fù));
21) 差異表達(dá)基因篩選(兩個(gè)或以上樣品);
22) 差異表達(dá)基因聚類分析(兩個(gè)或以上樣品);
23)差異表達(dá)基因的功能注釋(兩個(gè)或以上樣品);
24)差異表達(dá)基因的GO和KEGG富集分析(兩個(gè)或以上樣品);
25)差異表達(dá)基因蛋白互作網(wǎng)絡(luò);
26)lncRNA與mRNA表達(dá)水平比較;
結(jié)果展示
送樣建議
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