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科技服務

SCIENCE AND TECHNOLOGY SERVICE

宏基因組

產(chǎn)品簡介

宏基因組是指特定環(huán)境中全部微生物遺傳物質(zhì)的總和,宏基因組測序以特定環(huán)境中全部微生物群落作為研究的對象,提取環(huán)境微生物總DNA進行測序及分析;宏基因組擺脫了傳統(tǒng)微生物研究中分離培養(yǎng)的技術限制,在基因組水平解讀微生物群體的多樣性和豐度,探索微生物與環(huán)境及宿主之間的關系。
研究內(nèi)容

1) 數(shù)據(jù)質(zhì)控
2) 基因組組裝及基因預測
3) 物種注釋
   各分類水平上物種豐度圖;Alpha多樣性分析;樣品間差異組成PCA分析;
4) 基因組分預測
   基因預測;轉(zhuǎn)座元件預測;前噬菌體預測
5) 基因功能注釋
   基因家族分類;通用數(shù)據(jù)庫注釋:GO, KEGG, COG, Swiss-prot, Nr, KOG, pfam;專用數(shù)據(jù)庫注釋;
6) 多樣品比較分析
   篩選與樣品分組顯著相關因子(基因、功能);基于篩選因子對樣品進行主成分分析(PCA);基于篩選因子對樣品進行  聚類分析。
結果展示

送樣建議

1、一般以土壤、水體、腸道、根際等微生物為研究對象;
2、樣品選取需要以時間、地域、深度、部位等為參考,建議每個樣品設置3個以上生物學重復;
3、DNA要求:總量≥150ng,濃度≥50ng/μl,OD260/280:1.8-2.0,電泳要求:主帶清晰,無降解或輕度降解;
4、組織樣要求:土壤、根系等固體樣本約1-3g;菌液樣本需離心取沉淀物,不少于50mg;

010-80543251

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