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鑒定蛋白domain及繪制蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖
發(fā)布時間:2021-03-29 22:05:47 | 瀏覽次數(shù):

SMART(http://smart.embl.de/)是我們常用來進行domain搜索和蛋白質(zhì)注釋的數(shù)據(jù)庫,它集成了很多蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測和功能分析的工具,比如可以預(yù)測蛋白的一些二級結(jié)構(gòu):跨膜區(qū)(Transmembrane segments)、復(fù)合螺旋區(qū)(coiled coil regions)、信號肽(Signal peptides)、蛋白結(jié)構(gòu)域(PFAM domains)等。而此前小編剛好給大家介紹過如何進行單序列或者批量domain鑒定(點擊了解一下)。其實通過單序列domian的預(yù)測也可以獲取該蛋白和其他蛋白的互作關(guān)系,進而提取出其對應(yīng)的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)。

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